פרי יחליף בתפקידו את נתן שרנסקי שנבחר ליו"ר הנהלת הסוכנות היהודית
בישיבת דירקטוריון שהתקיימה ב-18 באוגוסט 2009, הוחלט לבחור ביעקב פרי לתפקיד יו"ר הדירקטוריון של בית התפוצות. ההחלטה התקבלה פה אחד. יעקב פרי מחליף בתפקידו כיו"ר דירקטוריון בית התפוצות, את נתן שרנסקי שנבחר לתפקיד יו"ר הנהלת הסוכנות היהודית.
בשנתיים האחרונות מעורב יעקב פרי, בהתנדבות, בפעילות בית התפוצות, הן כחבר בחבר הנאמנים הבינלאומי של המוזיאון והן כראש צוות השיווק המוביל את האסטרטגיה למיצוב מחדש של בית התפוצות כמוזיאון של העם היהודי.
אבינעם ערמוני, מנכ"ל בית התפוצות בירך את היו"ר החדש וציין כי יעקב פרי תמיד נכון לייעץ ולסייע ולוקח את מעורבותו בבית התפוצות ברצינות ובכובד ראש. "בית התפוצות נמצא בימים אלה בתנופת פיתוח והקמה של מוזיאון העם היהודי, המספר את סיפורו הייחודי והמתמשך," הוסיף אבינעם ערמוני "ויעקב פרי מלווה את התהליך מזה שנתיים. אנו משוכנעים כי ניסיונו העשיר בתחומי העשייה השונים והמגוונים, הן בביטחון והן בעסקים, יובילו את בית התפוצות אל המטרה הניצבת בפניו היום – בניית מוזיאון חדש של העם היהודי".