יעקב אגמון מונה  לשמש מנכ"ל התיאטרון הערבי-עברי ביפו. התיאטרון  ביפו העתיקה מורכב משני תיאטרונים: תיאטרון אל-סארייא (תיאטרון ערבי) ותיאטרון מקומי (תיאטרון עברי). שני התיאטרונים הקימו לפני 12 שנה את המסגרת המשותפת ועובדים בשיתוף פעולה במבנה שקיבלו מעיריית תל-אביב-יפו.

כיו"ר עמותת תיאטרון אל-סארייא הערבי משמש כיום עומר סיקסיק, וכמנהל אמנותי אדיב ג'השאן. כיו"ר עמותת תיאטרון מקומי עברי משמשת תא"ל מיל. רחל דולב והמנהלים האמנותיים הם יגאל עזרתי וגבי אלדור .
 לפני מספר שבועות פנו ד"ר ר'אנם יעקובי, אכרם חילו ויוסי פרוסט, בשם הנהלות התיאטרונים, אל אגמון כדי שישמש להם כמנכ"ל משותף. במפגש שנערך השבוע עם שתי ההנהלות, הודיע אגמון כי הוא מוכן לקבל על  עצמו  את התפקיד.

לדברי אגמון: "בימים אלה אני רואה חשיבות עליונה בתפקיד זה גם חברתית וגם אמנותית, ואפעל לשיתוף פעולה אמנותי בין שני התיאטרונים. התיאטרון הזה הוא מודל לחיים משותפים ויכול לשמש מיקרוקוסמוס ליחסים בין ערבים ויהודים כשהיצירה והאמנות מהווים את החוליה המקשרת".

אגמון ייכנס לתפקיד ב- 1 בינואר 2011, לאחר סקר פנימי שיערוך על מבנה התיאטרונים ודרכי פעילותם.
במפגש אמרה ח"כ לשעבר, נדיה חילו, חברת הנהלת התיאטרון הערבי אל -סראייא: "זוהי פעם ראשונה שאיש עם ניסיון רב כמו אגמון ועם תפיסת עולם רחבה לוקח את משימת הניהול על עצמו".

יעקב אגמון פרש מניהול הבימה לפני חמש שנים. בשנים האחרונות הוא מפעיל את משרד "בימות", המפיק את פסטיבל תיאטרונטו, אחת לשנה, בחול המועד פסח ביפו העתיקה. אגמון הקים בעבר את תיאטרון בית לסין, ניהל את התיאטרון הקאמרי של תל אביב, הקים את תיאטרון "בימות", ניהל פסטיבלים ברחבי המדינה ביניהם : פסטיבל עכו לתיאטרון אחר, פסטיבל הכלייזמרים בצפת, תיאטרונטו ועוד.